[El Scorpio]

А Linux и Windows будут работать на одной физической машине? »

Работать они будут не "на одной физической машине", а в разных виртуальных машинах. Так что работать будут без проблем (у меня же работает)
Можно (антивирусной защиты ради) даже на физической машине Linux использовать.

Ну я как понял сейчас в любом случае лицензию нужно брать на 2012, на 2008 вроде Microsoft не продает? или нет? »

На складах у поставщиков оборудования вполне может заваляться 2008 OEM.

А по ссылке от astomper7, написано если взять win 2008 Enterprise, то можно 4 виртуальных машины по одной лицензии. »

Угу, можно. Вот только она будет стоить раза в четыре дороже стандартной версии.
Оно вам нужно? Двух виртуальных из лицензии 2012 за глаза хватит.