[Ripping Corpse]

Ну если пользователя не оказалось в списке, то логично предположить, что пользователь доменный. Сертификат стоял личный? Или именно УЦ (сертификат доверенного корневого центра сертификации)? Носитель с ключевым контейнером остался, или контейнер также в реестр прописан?

И копии ключа естественно нет?
Какой криптопровайдер использовался? Если КриптоПро, то он хранит ключи в разделе реестра:

HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Crypto Pro\Settings\Keys

Посмотрите в разделе реестра:
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\WindowsNT\CurrentVersion\ProfileList
Нет ли там записи с расширением *.bak, если есть, то вполне вероятно, что это Ваш пропавший пользователь.
В каталоге с пользователями искали, каталог то жив?