[Nordek]

но при установке вручную с DXSetup.exe файлы принудительно перезаписываются »

И?
Если планируется установка того же DirectX в системе, то из папок игры желательно вычистить похожие файлы.
Вот на примере с Visual C++:
В папке игры находились файлы типа msvcr*.dll, при этом в системе был установлен Visual C++ более новой версии - соответственно и версии библиотек выше чем в файлах находящихся в папке игры.
Итог после запуска игры в папке которой находились библиотеки старой версии: "Не найдена точка входа в процедуру ***".
Итог после запуска игры из папке которой библиотеки были удалены: Игра свободно запустилась.