[SharkyUA]

Можно ли на RHEL-подобную систему, например centos, поставить ванильное ядро взятое c kernel.org? »

Конечно можно.
К тому же вы можете поставить его рядом с текущим.

Или же можно ожидать, что много поставленного софта не будет работать? »

Если будете обновляться на 3.x, одним make oldconfig не обойдетесь, нужно вручную проверить конфигурацию перед сборкой.

[romez777]

Я имел в виду, что мне нужно поставить на centos 6.5 'ванильное' 2.6.32.x вместо редхатовского 2.6.32.x. Какой базовый софт (системные библиотеки, компилятор) после этого нужно будет пересобрать/переустановить, чтобы все продолжало работать корректно?

Также, мне нужна поддержка lxc/cgroups, я не знаю насколько хорошо это поддерживается в 2.6.32.x с kernel.org ибо многие пишут, что LXC на 2.6.32 в зачаточном состоянии.

[vadblm]

romez777, на http://wiki.centos.org/HowTos/Custom_Kernel всё выглядит просто. Соберите, попробуйте, всё должно заработать, а если лажанётесь, бутнётесь в стоковое ядро.