[_arahnid_]

Насколько мне известно, что Thunderbird хранит свои настройки в каталоге c:\Users\User\AppData\Roaming\Thunderbird\
от сюда вывод: необходимо на чистом компе аккуратно настроить Thunderbird, затем скопировать этот каталог и сделать для него отдельный инсталлятор MSI я это делаю с помощью программы Advanced Installer. Затем только останется распространить полученный MSI пакет через AD в вашей сети.

Ну конечно сначала нужно протестировать работу на одной машине, предварительно сделав резервную копию вашего каталога с настройками и почтой.
учтите, что распространив данный пакет, ваши пользователи могут потерять все свои настройки и почту. Если руки растут из правильного места, то все должно получиться.