[D3DX]

Нет не помеха.
Парагон просто подтянет свободное пространство к существующему разделу. Если есть возможность (свободный HDD) проведите на нем процедуру создания трех разделов, удаление третьего и присоединение свободного пространства к первому через промежуточный второй.

Рассмотрим разметку HDD 320 Gb которая начинается с сектора 0000000000 и заканчивается сектором 625142448 (он же LBA, это количество физических секторов на носителе). В МВR (или при другом типе разметке) будет записано что допустим диск С: содержит секторы с 010000000 по 200000000 и секторы с 300000000 по 500000000. Win или другая ос будет видеть его как единый раздел.