[mwz]

[Windows] были разрешения для группы Пользователи на чтение, список содержимого папки и чтение и выполнение »

Стандартные разрешения.

А группа TrustedInstaller нужна для кого? »

"Доверенный установщик". Системная запись, связанная с установкой некоторых программ и обновлений (да и самой Windows).
Я ж не говорил гадать, а говорил сравнить.
А на другие (действительно мои) вопросы ответа я не увидел.

К разрешениям папок C:\Users, C:\Program Files и C:\Windows не прикасайтесь »

Я бы сказал, что по крайней мере без консультации и подтверждения минимум парой авторитетных участников.
Поскольку пока неизвестно, ЧТО сделал бывший админ, и из-за чего пользователи могут лазить по папкам как друг друга, так и администраторов.

hozman
С папкой Windows уже разобрались: там действительно что-либо трогать нельзя.