[mwz]

И сохранение одного и того же файла, например в ворде создаст его новую копию в другом физически месте »

Ну так это не операционка "виновата" -- а Word. Который не заменяет файл по месту, а создаёт новый, удаляет старый и переименовывает новый.

Очень хорошо такие моменты проявляются при работе с копиями в виде жёстких ссылок (hardlinks): если после работы с такой ссылкой файл стал независимым -- то произошла не модификация файла, а создание нового с удалением старого (пример -- модификация RAR-архива). А при правке, например, текстовых файлов с помощью Akelpad жёсткие ссылки не теряются, т.е. происходит модификация "по месту".