[mwz]

хранится в рабочей папке "Пользователь\AppData\Local\uTorrent" »

В другой: в %userprofile%\AppData\Roaming\uTorrent
И здесь хранятся только сами торрент-файлы; скачанные же файлы, если это не переопределено вручную в настройках программы, хранятся в %userprofile%\Downloads (можно переопределить как папку для незавершённых закачек, чтобы они не путались под руками, так и папку, куда они будут перемещены по завершении; но на обе папки у пользователя должны быть полные права).

Stivensson
Те торрент-файлы, которые вы запустили на закачку, можете удалять сразу же: их рабочие копии (торрент-файлы при этом не перемещаются, а именно копируются) ложатся сразу же в %userprofile%\AppData\Roaming\uTorrent -- и именно оттуда они удаляются по команде, которая включает удаление торрент-файла. Исходные файлы же остаются на усмотрение пользователя.