[Iska]

Естественно пользовал разные программы, которые ищут дубли файлов по разным критериям. Но что-то не видел тех, которые могут уничтожать дубли, заменяя их ссылками на реальный файл. »

Есть такие. Смотрите, пробуйте: find duplicate|equal files and replace by hardlinks - Поиск в Google. Вот, например: Duplicate & Same Files Searcher.

Критерий одинаковости файлов простой - одинаковый размер, дата. »

Будет мучительно больно при таком критерии.