[XXXX Pro]

NTFS более надежна и имеет гораздо больше возможностей (ограничение доступа различным пользователям, квоты и многое другое). Утверждения насчет того, что FAT32 быстрее - верны только при недостатке оперативной памяти (для Windows 2000  оптимальный объем - 384 Mb RAM), кроме того, NTFS быстрее фрагментируется.
Что касается восстановления в случае "падения" Windows 2000, то FAT32 удобнее, так как можно загрузиться с обычной дискеты  с Windows 98 (или CD-ROMа), но в Windows 2000 предусмотрена Консоль восстановления, которая во многом похожа на обычную командную строку DOS с несколько расширенными возможностями, но при этом нормально работает и с NTFS.
Преобразование FAT32 -> NTFS без потерь данных возможно с помощью утилиты Convert, но приводит к сильной дефрагментации диска. Обратное пребразование невозможно.