Guest
Если думаешь больше о безопасности - NTFS.
Если предвидишь скорые проблемы или винт частенько используешь как "носитель"

тогда FAT.
А различий море... Поищи по форуму - темы были. Да и в инете инфы полно. В крайнем случае скинь на мыло свой адрес дам доки по НТФС-ке и отличии ее от FAT-а.
Тока кидать буду скорее всего в понедельник, когда на работе буду.