[brodjaga5]

А смысл тогда msi пакет вкладывать?

в том то и дело не зачем!Хотя можно положить рядом reg файл с настройками (Регистрацией) и запаковать в SFX

И еще такой вопрос:а как сделать так,чтобы в автоматическую установку программы был вшит патч либо кейген,который автоматически установил бы серийный код?Или текстовый документ с серийным кодом?

существует много способов, допустим с помощью reg файла ели регистрация вносится в Реестр или же с помощью sfx, который будет распаковывать тот или иной файл (ряд файлов) в папку с прогай , в который вносится регистрация при установки программы, конечно возможна полностью перепаковка программы, но не всегда, нужны навыки!