[olen6]

a2m, команда clean распространяется на весь выбранный вами физический диск (винчестер).
Windows 7 USB/DVD download tool - ИМХО, вот причина ваших неудач. Это программа 2009 года и флешку вашу, скорее всего, она сделала в NTFS разметке, а с UEFI такие шутки не проходят, ей нужна FAT32.
Demetriadis вам правильные ссылки даёт для создания загрузочной флешки.