[exo]

по рекомендации Microsoft AD должно находится на отдельном сервере »

что не мешало им выпускать раньше комбайн SBS.

но имеется только 1 лицензия standard 2008r2 »

есть возможность купить лицензию 2012 R2 ? тогда будет возможность развести AD и TS на разные виртуальный машины

советовали там правильно указывать внутренний домен, только говорили что нельзя выбирать доменное имя если есть сайт с таким именем при этом тут же советовали выбирать - оговорка? »

бывают разные сценарии наименования внутреннего домена. скачайте вторую книгу, прочитайте со страницы 191.
если использовать не публичное имя, то обычно: .local .localnet .internal