[K.A.V.]

воспользоваться вами предложенной утилитой »

Вы лучше спросите у него, как он будет значения менять путей к приложению в экспортируемом xml, если мы говорим об универсальном установщике, а не заточенном чисто для себя, если уж чисто для себя - то можно сделать и обычный SFX через WinRAR с парочкой команд...

Хотя я что-то не совсем догоняю, как SchTasks поможет интегрировать задание в дистрибутив? она работает с локальным планировщиком. »

Ну, исходя из раздела, в котором создана тема - слово "дистрибутив" я понимаю как пакет инсталлятора конкретной программы, как поможет? В коде прописать исполнение SchTasks, зачем всё усложнять xml файлами и работой с ними?

Код:

SchTasks /Create /SC ONLOGON /TN "Start REGEDIT" /TR "%WINDIR%\REGEDIT.exe"

Это пример команды через консоль, создаётся задание "Start REGEDIT", которое будет выполняться при входе любого пользователя в систему
Обратиться к приложению в системной директории я думаю, труда не составит у тс, раз уж занимается перепаковкой