Доброго времени суток.
Из сказанного выше ни чего не понял, на форуме решение не нашёл.
Необходимо из файла скопировать поля из ==Сертификат 1== в новый файл. Сертификатов может быть сколько угодно, идентификатор - SERVER-2-CA.
Код:

my "Личное"
================ Сертификат 0 ================
Серийный номер: 11111111111111111111111111111111111111
Поставщик: CN=SERVER-1-CA, DC=ya, DC=ru
NotBefore: 10.12.2013 14:42
NotAfter: 10.12.2014 14:42
Субъект: E=ivanov@ya.ru, CN=Иванов Иван Иванович, OU=Офис, OU=Организация, DC=ya, DC=ru
Имя шаблона сертификата (Тип сертификата): Test
Не корневой сертификат
Шаблон: Test, Пользователь
Хеш сертификата(sha1): 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11
Контейнер ключа = 11111111111111111111111111111111
Уникальное имя контейнера: 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
Поставщик = Microsoft Enhanced Cryptographic Provider v1.0
Закрытый ключ НЕ экспортируем
Тест шифрования пройден
================ Сертификат 1 ================
Серийный номер: 22222222222222222222222222222222222222
Поставщик: CN=SERVER-2-CA, DC=mail, DC=ru
NotBefore: 10.12.2013 9:04
NotAfter: 10.12.2014 9:04
Субъект: E=petrov@mail.ru, CN=Петров Пётр Петрович, OU=Организация, DC=mail, DC=ru
Не корневой сертификат
Шаблон: Test
Хеш сертификата(sha1): 22 22 22 22 22 22 22 22 22 22 22 22 22 22 22 22 22 22 22 22
Контейнер ключа = 222222222222222222222222222222222222222
Поставщик = Microsoft Enhanced Cryptographic Provider v1.0
Закрытый ключ НЕ экспортируем
Тест шифрования пройден
CertUtil: -store — команда успешно выполнена.
Необходимые поля:
Серийный номер: 22222222222222222222222222222222222222
Поставщик: CN=SERVER-2-CA, DC=mail, DC=ru
NotBefore: 10.12.2013 9:04
NotAfter: 10.12.2014 9:04
Субъект: E=petrov@mail.ru, CN=Петров Пётр Петрович, OU=Организация, DC=mail, DC=ru
Хеш сертификата(sha1): 22 22 22 22 22 22 22 22 22 22 22 22 22 22 22 22 22 22 22 22
Контейнер ключа = 222222222222222222222222222222222222222
Поставщик = Microsoft Enhanced Cryptographic Provider v1.0
За ранее спасибо.