[exo]

Основные с которыми от должен работать это HTTP, HTTPS, FTP »

гугл - прозрачный прокси HTTPS

а какие еще протоколы могут понадобиться, для примера? »

зависит от того, что вы используете в компании.

А почему? Это связано с аппаратными особенностями? »

маршрутизатор:

В качестве маршрутизатора может выступать как специализированное (аппаратное) устройство, так и обычный компьютер, выполняющий функции маршрутизатора.

Может есть ссылка где можно почитать подробно? »

первая книга