[diagnoz_]

тормозит со всех винчестеров. »

Ну не знаю. Если не делали так, то отключайте тогда по отдельности каждый жесткий и смотрите на проблему, выявляя виновника. Как вариант один\несколько жестких тормозят просмотр видео. Выполните дефрагментацию дисков наверняка (из-за нее также подобное бывает).
Да, проблема с "тормозами" наблюдается только при просмотре видео?

Через 1,5 минуты все приходит в норму и фильм продолжается. Это может повториться несколько раз за фильм, а может и ни разу. »

Возможно имеет место быть сбойным секторам

в новый перешли только три винчестера: 1Тб, 2x2Тб »

Выполните проверку диска\ов victoria для выявления сбойных секторов. Возможны имеются большие задержки при доступе к жесткому диску...

Ну как вариант еще, установите HD Tune, откройте вкладку Disk monitor, после запустите на проигрывание видео и смотрите на прыжки во время просмотра.