[bilytur]

Boikov
1.

Программа ntfs98ro записала в загрузочный файл AUTOEXEC.BAT строку "C:\Program Files\winternal\NTFS for windows 98\ntfschk.exe /q *".

Сразу скажу что ntfs98ro я никогда не юзал, но предположить можно следующее:
Длинные имена Win98 на этапе загрузки не понимает поэтому в AUTOEXEC.BAT должно быть что-то типа:
C:\PROGRA~1\WINTER~1\NTFSFO~1\NTFSCHK.EXE /q *
Судя по названию это что-то типа проверки.

2.

Мне непонятно, зачем применять Acronis Os Selectjr, если и без него появляется меню с вариантами загрузки

В твоем случае он действительно не нужен.
98 и XP у меня например прекрасно работают без  всяких менеджеров мультизагрузки.
Второй экземпляр XP на дополн. разделе так-же должен встать нормально.

3.
Небольшой совет. А зачем тебе NTFS? Делай везде FAT32! и тогда п.1 вообще не нужен.
Защищенности все равно не будет, раз есть возможность грузить 98 , а ФАТ быстрее.