[diagnoz_]

Valek271183,
Я так полагаю, что если разработчики своей программы, изначально не заложили такую возможность. то думаю никак. Пример Skype, после установки, он сам добавляет туда себя.

Как можно автоматически настроить отображение значка только что установленной программы? »

Как это можно сделать? Как его туда впихнуть не установив саму программу?
Если опять же, в том же Skype, изначально задумано после своего интсталла, отобразить свой значок в трее, то он и появится там.