[Iska]

кроме как тут. »

Там везде есть ссылки. Знание английского языка для чтения RFC приветствуется.

Если MUA и MDA взаимодействуют друг с другом по протоколам pop3 и imap, либо через web-интерфейс то почему в настройках почтовой программы мы указывает smtp-сервер для отправки? »

1. Не MDA.
2. Через Web-интерфейс не взаимодействуют.
3. POP3 и IMAP4 — протоколы для получения почты. SMTP — для отправки.

Вам стоит изучить указанные протоколы, взять telnet-клиент и просто поработать с сервером «ручками» — сразу многое станет понятнее.

Если провайдер разрешает 25 порт и я отправлю письмо по протоколу smtp на adresat@gmail.com, оно дойдёт или нет? »

Для осмысленного ответа не хватает озвученных данных. Если у Вас есть учётная запись на некоем почтовом сервере, если Вы отправляете письмо от имени этой учётной записи, если указанный адрес существует — то дойдёт.

Если провайдер разрешает 25 порт и у меня выделеный внешний ip-адрес и я подниму у себя почтовый сервер, он будет работать или нет? »

Работать будет. Сам на себя, пока Вы не пропишете в dns провайдера соответствующие записи. Детали озвучат более опытные коллеги, поднимавшие собственные почтовые сервера.