[Гуллипут]

Код:

for %%f in (d:\2\*.*) do (
  fc "%%f" "d:\1\%%~nxf"|find "FC: различия не найдены"
  if not errorlevel 1 del "%%f"
)

Это сравнит по содержимому. Только файл должен создаваться в кодировке 866 (она же ASCII, она же DOS, она же OEM).

Если достаточно проверки по размеру, то изменим вот так:

Код:

for %%f in (d:\2\*.*) do (
  for %%F in ("d:\1\%%~nxf") do if %%~zf==%%~zF del "%%f"
)