[LehaMechanic]

В вашем описании не хватает некоторых важных уточнений:
Зачем была заменена мать?
Модель новой платы? Откуда она взята, с какой историей? Ломаная, чиненая, с помойки, из магазина?

Почему-то она сама себя не узнает в Lenovo BIOS Setup утилите »

Единственное, что приходит в голову - попробовать обновить прошивку БИОС, если таковая есть на оф. сайте Леново.

2. AIDA64 определяет Тип BIOS как AMI (04/28/11). Lenovo BIOS Setup - это только обвертка AMI ? »

В общем да.
Основные производители BIOS для ноутбуков, персональных компьютеров и серверов (кроме продавцов-производителей):
American Megatrends (AMI)
Award Software (англ.)русск.
Phoenix Technologies

4. Floppy Disk отключил, так как его физически нет. Но почему AIDA64 его видит? »

Вопрос к программистам АИДЫ.

Больше 3 ГБ в 32-битной Windows 8.1 с нее можно "выжать"? »

Что значит "выжать"? У вас всего 3 ГБ. Установите больше - получите ещё метров 250 в лучшем случае, смысла нет.