[Elven]

Давайте тогда подойдем с той стороны, что если есть физический доступ к компьютеру, то ни один файл уже не имеет достаточной защиты от копирования, а если скопирован, то никто не помешает после сделать с ним все что угодно.
Достаточно простое решение было приведено уже давно не помню кем, правда там имел место запуск любой программы от имени администратора, но сути это не меняет, правда это будет не хранение пароля в батнике, а вариант обхода данной байды.
Задачи в шедуллере я думаю никто еще создавать не разучился, как и указывать возможность ручного запуска таковых задач. Ну а в какое труднодоступное место запихнуть тот самый батник - дело ваше (как вариант - где-нибудь в сети и с доступом только той учеткой от имени которой запускается батник).