[Denis Dyagilev]

Вариантов два. Оба подразумевают вывод одного узла из кластера, установку на нем 2012 R2, создание одноузлового кластера. В какой-то момент у Вас будет два кластера. Под управлением 2012 и 2012 R2.

Собственно, сами варианты:

1. Мастер миграции ролей (по аналогии с миграцией с 2008 R2 на 2012),
2. Живая миграция с 2012 на 2012 R2.

В первом случае время недоступности больше, но сам процесс быстрее, если ВМ много. Во втором случае даунтайм меньше, точнее отсутствует, но больше ручной работы.

Вам в любом случае придется перезагружать ВМ для обновления компонентов интеграции, так что можно совместить первый метод с предварительной установкой компонентов интеграции, что бы обойтись одной перезагрузкой.