[Elven]

Решил сам, правда с костылем.

Код:

@echo off
for /F %%a in ('dsquery user -inactive 12 -limit 0 -o samid') do (
dsquery user -samid %%~a -disabled | find "CN"
if errorlevel 1 (
echo %%~a >> d:\zombie.log
)
)

после вывода который должен быть пустым добавляем "FIND" и тут уже используем ERRORLEVEL (сразу после dsquery он в любом случае возвращал "0")