[El Sanchez]

Существует программа (не моя) и установщик находит к ней путь по AppId . Далее, программа установки дополняет существующую программу файлами (при этом совершенно не трогая ни один фаил программы)... и создает файлы для удаления (Unninst). Если воспользоваться Unninst.exe, то все дополненные файлы удаляются как надо, но и по AppId установщик эту программу перестает находить... есть ли способ этого избежать? »

Mat_y, я так понимаю патч какой-то делаете или что-то вроде того. Тут можно двумя путями пойти. Первый - это патч создает деинсталлятор и не регистрирует себя в ветке реестра AppId программы, тогда при удалении и файлы удалятся те, что надо, и реестровые записи сохранятся. Для этого всего лишь нужно в секции Setup директиву CreateUninstallRegKey установить в no. В апплете Установка и удаление программ патч, разумеется, не будет фигурировать. Второй - если очень хочется и через апплет удаление делать, то патч должен использовать свою ветку регистрации, не затрагивая программную.