[WindowsNT]

Skype: таких программ, скорее всего, нет. Пересылайте тексты, зашифрованный через WinRAR; пароль с помощью компьютера или телефона не пересылайте.
IP-телефония: зависит от конкретной реализации этого сервиса. Возможно, помогут политики IPSec.
E-mail: система цифровых подписей/сертификатов. Это — задача не особо сложная, но нетривиальная, магической программы "сделайте мне всё секурно" не существует. Требуются множественные настройки руками профессионала, а также разработка процедуры обмена ключами шифрования.