[Nun-Nun]

Скорее всего какая то программа, установленная после STDU Viewer, переназначила ассоциации на себя. »

Сорри, Вы о чём, о какой ассоциации? Ассоциации с типами фалов и навигация по программе - это разные вещи, они друг с другом никак не связаны! Что касается навигации, то она в разных программах может быть реализована как с помощью одинаковых комбинаций клавиш, так и с помощью разных, но это внутренне дело каждой программы, оно на другие проги не влияет (если, конечно, программеры в проге что-нибудь не накосячили).

достаточно было просто переустановить STDU Viewer из аддона.

Неужели Вы думаете, что я этого делать не пробовал?!