[vadblm]

Где корректне всего хранить файлы сайтов ? »

Где угодно. Нужно соблюдать лишь два условия
1. web сервер имеет туда доступ
2. места достаточно

Вроде как сайты обычно размещают в папке /home... »

Обычная практика, поскольку нужно ведь давать ещё доступ для заливки содержимого, обычно по ftp, а ftp сервер настроить с chroot в домашнюю директорию проще всего.

Так, что /var/www - это канонический путь »

И где в каноничном fhs-2.3 расписан /var/www ?
Если в убунте с клонами веб-сервера поставляются настроенными с документрутом в /var/www, это не значит, что это канон. По канону, вами же приведённому, /srv/apache2/www или /srv/www таки каноничнее .