[Nordek]

поясняю привилегии установщика: »

Да знаю я эти привилегии, только смысла не вижу применять их, по умолчанию вполне хватит.
Появится смысл тогда когда будет понятно то что описал ниже в примере.
Тем более какие бы ты привилегии не применил, сам установщик всё равно запускается только из под админа.
И то что в конце установке из инсталлятора выполняешь, соответственно и программа запускается из под админа и можно любые настройки менять как хочешь. Но потом, обычным запуском попробуй-ка настройки изменить (опять же пример привёл ниже).

тут либо ошибка сборщика, допустившего расположение конфигурационного файла в месте, недоступном простому обывателю, либо ошибка разработчика программы, не сумевшего заставить свое приложение читать свой же конфигурационный файл. »

Сборщику? Разработчику?

Простой пример c Akelpad

Если нету, то установи Akelpad чтоб убедиться.
Если переключить на то чтоб настройки сохранялись в ini, переключи, потом примени

и тут тебя ждёт большой облом
.
Как видишь ничего не применилось.
Все потому, что надо было непросто запустить, а запустить аж от администратора.
Есть способ чтоб запускать Akelpad обычным способом и чтоб применялись без администратора.
Так что не сборщик, и даже не разработчик в этом не виноват.