[megaloman]

Исключительно из упрямства предлагаю корявое решение без промежуточного файла с имитацией массива

Код:

@Echo Off

Set "FileName=txt.txt"

SetLocal EnableExtensions EnableDelayedExpansion

Set /A N=0
FOR /F "tokens=1 usebackq delims= " %%i in ("%FileName%") do (
	Set /A N=!N!+1
	Set "String.!N!=%%i"
)
Del "%FileName%" 
FOR /L %%j IN (1,1,%N%) DO Echo !String.%%j!>>"%FileName%"

Корявое, потому что:
1. Работает медленно
2. Не знаю, насколько длинным может быть выходной файл, то есть не знаю границ применимости по числу и длине строк
3. И намного длиннее чем решение Diskretor, приведённое ниже :

Респект amel27 за идею