[Iska]

не ожидал что будет такой большой »

Вы ведь написали:

в текстовом файле оставалось только »

т.е. — в том же файле.

Если усечённые строки сохранять в новый файл — надобность в промежуточном временном файде отпадает (не проверялось):

читать дальше »

Код:

@echo off
setlocal enableextensions enabledelayedexpansion

set sSourceFile=%~1
set sDestFile=log.txt

if defined sSourceFile (
	if exist "%sSourceFile%" (
		>"%sDestFile%" (
			for /f "usebackq delims= " %%i in ("%sSourceFile%") do (
				echo.%%i
			)
		)
	) else (
		echo Can't find source file [%sSourceFile%].
	)
) else (
	echo Usage: %~nx0 ^<Source file^>
)

endlocal
exit /b 0

Код: echo 0>log.txt »

Не делайте так. Лучше проверьте, существует ли файл, и если существует — удалите.

Код: for /f "tokens=1,2 … »

Зачем Вам второй токен? Вы его не пользуете.