[Bruce Wayne]

Всё, проблема решена! :D Извините за беспокойство. Вот что получилось:

Код:

@echo off
setlocal disableDelayedExpansion
set "file=123.txt"
set "line=%file%.line"
set "deduped=%file%.deduped"
set LF=^

>"%deduped%" (
  for /f usebackq^ eol^=^%LF%%LF%^ delims^= %%A in ("%file%") do (
    set "ln=%%A"
    setlocal enableDelayedExpansion
    >"%line%" (echo !ln:\=\\!)
    >nul findstr /xlg:"%line%" "%deduped%" || (echo !ln!)
    endlocal
  )
)
>nul move /y "%deduped%" "%file%"
2>nul del "%line%"

Правда, результат перезаписывает исходный файл, но так даже удобнее)