[DmitriiV]

... через наши консольные команды...

О каких командах речь?

... при открытии батника всплывается GUI окно...

Зачем смешивать режимы? Почему нельзя обойтись каким-либо одним?

... неправильный - "echo <...> правильный "echo...

Как именно сценарий должен отличить правильный пароль от неправильного?

Цель: Пройти проверку прежде чем приступить к работе.

О чём конкретно речь: о начале сеанса работы в ОС, о запуске какого-либо приложения, о доступе к какому-либо ресурсу?..