[Ж.Д.А.Л.К.Е.Р.]

дефрагментацию образа c помощью Wincontig нужно было сделать на HDD, а не на флешке »

Это верно только в том случае если у тебя загрузочный HDD с Grub4Dos-ом, и ты с него загрузившись запускаешь установку виндовс.
Дефрагментирование файла на одном носителе с последующим копированием на другой не дает никакого результата. Потому что фрагментированность или ее отсутствие не переносится. Все зависит от количества свободных непрерывных блоков на устройстве получателе - если их достаточно, файл будет физически цельным (дефрагментированым).

FiraDisk устанавливается в WinPE дистрибутива и дальше передает управление установщику. В инсталлируемую ОС он не вносит никаких изменений.