[Kvazar]

Sebeck
Имхо косяки с контейнером. Перелей в матрёшку (.MKV). Cплиттер + CorecodecVorbis (нужно для просмотра) можно утянуть здесь:
Matroska_Pack_Lite_v1.0.2
http://matroska.free.fr/packs/download.php?id=2

Действительно, VP6 требует для перемотки намного больше ресурсов, но на таком железе дело не в этом.

Теперь о том, как перелить в другой контейнер. Открываешь видео файл в VirtualDub Mod (найдешь на sourceforge.net), в меню Video ставишь "Direct Stream Copy", далее File\Save As..
В поле "Тип файла" выбираешь "Matroska File". Что нужно для

Добавлено:

http://sourceforge.net/projects/virtualdubmod/