[yurfed]

Поиск в BIOS опций, отвечающих за пробуждение ПК с помощью PCI-устройств. Нашлась опция PME Events Wake Up, установка ее значения в Disabled не помогла. »

Если кабель отключить? Проверьте.

Далее был взят LiveCD Ubuntu 12.04 LTS, с которого решено было загрузиться и о чудо, компьютер включается нормально. Проверил раз 8 и во всех случаях компьютер не включался после выключения. »

Вообще то БИОСу по барабану что у вас там установлено. Он просто стартует систему.
Это с любыми LiveCD?