[Kvazar]

Я полагаю framerate в фильме вы не изменяете? Так и остается 25 кадров?
А вообще рассинхронизация в середине (либо на любом другом  участке) указывает на битый АС3 файл. Попробуйте сделать demux в wav с помощью DVD2AVI - он корректно обрабатывает битые фреймы в АС3 потоках, затем закодируйте получившийся wav в MP3 или Vorbis. К сожалению 6 ch уже не будет, но по крайней мере рассинхронизация должна исчезнуть.

Попробуйте так как я описал выше, потом сообщите о результатах. Не получится - будем думать дальше.

Кстати, фильм кодируете на 1 CD?

Change so video and audio duration match

Эта опция задействуется если вы изменяете framerate у фильма. Иначе она ни на что не влияет.