[deviance]

Код: while(j=!2) { if(s[i]=='|') {j++; i++;} s[i+1]='\0'; fputc(s[i],nf); } fputs(s,nf); »

На первый взгляд, проблема в выполнении fputc(), а затем еще и fputs().
Вы идете по строке до тех пор, пока не найдете вторую вертикальную черту (попутно помещая символы в файл). Находите вторую вертикальную черту, ставите завершающий нуль.. И пихаете "обрезанную" строку в файл, хотя она там уже есть (накопилась из единичных символов, пока Вы вертикальные черточки искали).

Вообще говоря, задача звучит типично. И типичным решением будет использование awk:

Код:

awk 'BEGIN {FS="|"}; {print $1, $2}' student.txt