[okshef]

Sevilho, условий успешной загрузки всего несколько:

1. Наличие активного раздела
2. Наличие файлов загрузки на активном разделе
3. "Правильный" BCD, в котором прописаны условия загрузки нужной системы
4. Соответствие MBR и MBC файлу загрузки системы

По второму условию: файлы bootmgr у вас находятся на разделах С (с которого сейчас и происходит загрузка) и Y. Но первое условие для раздела Y не выполняется - он не является активным. Сделайте.
Для приведения в соответствие 4-го условия нужно пользоваться либо утилитой bootrec, либо bootsect

Думаю, для продвижения вам поможет статья Как перенести файлы загрузки Windows 7 на другой жесткий диск

HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\MountedDevices - эти разделы одинаковые на обоих осях - вот и причина! »

И как она себя проявляет? Что, реестр одной системы взаимосвязан с реестром другой?