[nfs911]

Пути заработали но как от %$Path% отсечь %Folder% и прибавить к %OutFolder%

Если математически то так
(%OutFolder%+(%$Path% - %Folder%))

Если наглядно то так
E:\Projects\upd\in + (E:\Projects\upd\foldx\new\1\AB12345.exe - E:\Projects\upd\foldx\new) = E:\Projects\upd\in + \new\1\AB12345.exe

Ведь для копирования нужны абсолютные пути...

Код:

@Echo On
setlocal enableextensions enabledelayedexpansion

Set Folder=E:\Projects\upd\foldx
Set OutFolder=E:\Projects\upd\in
Set txt_list=E:\Projects\upd\copy.txt

For /F %%i In (%txt_list%) Do (
Set nm=%%i
for /f "tokens=*" %%a in ('Dir /b/s/a-d %Folder%\*!nm!*.*') Do (Set $Path=%%a & goto :copy)
)
:copy
xcopy /l /h /t "%$Path%" "%OutFolder%\"

Pause
Exit