[Petunchicus]

Программой обновления была создана загрузочная флешка с Windows 8. »

попробуйте этой же программой создать загрузочный образ Win 8 или использовать стороннее ПО для создания образа Win 8.

Возможно ли скопировать папку с файлами с флешки, на жёсткий диск, что бы потом опять закинуть на эту или другую флешку образ системы? »

скопировать можно, но образ не будет загрузочным.
Или другой вариант: скопируйте все содержимое флешки в отдельную папку, а потом заново создайте загрузочную флешку при необходимости.