[Sw0rds1ng3r]

Тоже довольно долго промучился с этой проблемой, добавил alias таким образом:

Код:

Alias /phpmyadmin "/usr/local/www/phpMyAdmin/"
 
    <Directory "/usr/local/www/phpMyAdmin/">
        Options none
        AllowOverride Limit
        Order Deny,Allow
        Require all granted
    </Directory>

После этого корректно открывается http://localdomain/phpmyadmin/ и http://localdomain/phpmyadmin/setup/

А вообще пишут, что это какая то проблема в настройках безопасности FreeBSD 9.1, которую, кстати, до сих пор не решили. Источник: http://forums.freebsd.org/showthread.php?t=39072.