[Ксеноинженер]

Поверьте моему богатому опыту - не всегда. »

Верю и проверил.
Действительно схема нумерации дисков установщика Windows не привязана к BIOS и к номеру SATA порта.
Сама MS здесь лукавит:
when you install Windows Server 2012, Windows Server 2008 R2, Windows 8, or Windows 7, the installation creates a system partition alongside the Windows partition by default. The system partition is created to accommodate a Bitlocker requirement. Bitlocker requires that the boot files and Windows files are located on separate partitions. If the preselected default hard disk is not changed, the system partition is created on the disk that is detected as Disk 0.
http://support.microsoft.com/kb/937251
http://support.microsoft.com/kb/937252
Пока это так, устанавливать ОС в MBR-системе на один из двух физ.дисков - играть в угадай-Ку.
В MBR системе одно можно сделать с уверенностью -- на время установки ОС стОит отключать в BIOS/физически SATA-порты со всеми ПЗУ, кроме "системного"; вот тогда и скрипт будет работать исправно.
В EFI системе такая привязка нумерации дисков к ОС Есть, и в случае установки ПервойОС на диск 0 всё чётко при любом количестве физ. дисков. Но тем не менее в EFI при установке ВторойОС на диск 1-N (первая на диске 0) рекомендую тоже отключать все ПЗУ, кроме "системного", (целиком логические диски не в счёт). Почему рекомендую? Да очень просто, чтобы загрузиться с первой или второй системы, достаточно будет сменить последовательность дисков в BIOS/EFI. Без шаманства с bootsect.

В общем-то, привести в порядок свои диски в BIOS/EFI и устанавливать систему всегда на диск 0 - это элементарные правила!

P.S. Правила есть в любой игре.