The_Immortal, надо выбирать "Преобразовать в UTF-8".
Для Notepad++ возможно придется писать скрипт или макрос.
Развивая тему текстовых процессоров, можно попробовать посмотреть в сторону "sublime text 2". Этот редактор платный, но имеет достаточно широкие возможности.
----
Можно продолжить вариант предложенный
Iska, что будет более правильно.
(я вот хоть убейся сходу не могу найти нормальной документации про -encoding, хотя вроде правильные вопросы гуглу задаю, про msdn все дела

)
Нашел! Через справку оболочки
PowerShell ISE, по Out-File, третий пример. И то, про ASCII.
-Кодирование <string>
Задает тип кодировки, используемой в файле. Допустимые значения: "Unicode", "UTF7", "UTF8", "UTF32", "ASCII", "BigEndianUnicode", "Default" и "OEM". По умолчанию используется кодировка "Unicode".
Значение "Default" соответствует кодировке текущей кодовой страницы ANSI.
"OEM" соответствует идентификатору кодовой страницы текущего производителя оригинального оборудования для операционной системы.
Пример 3
C:\PS>$a = get-process
C:\PS> out-file -filepath C:\Test1\process.txt -inputobject $a -encoding ASCII -width 50
Описание
-----------
Эти команды отправляют список процессов, выполняемых на компьютере, в файл Process.txt. Текст имеет кодировку ASCII, чтобы его могли обрабатывать программы поиска, такие как Findstr и Grep. По умолчанию командлет Out-File использует формат Unicode.
Первая команда получает список процессов и сохраняет его в переменной $a. Вторая команда с помощью командлета Out-File отправляет список процессов в файл Process.txt.
Параметр InputObject указывает, что ввод хранится в переменной $a. Параметр Encoding используется для преобразования вывода в формат ASCII. Параметр Width ограничивает длину каждой строки в файле 50 знаками. Так как строки вывода после 50 знаков усекаются, самый правый столбец таблицы процессов не выводится.
Поубивал бы!
---
В качестве альтернативы можно предложить использовать Python. В ряде случаев (проблема вывода информации) он мне понятней.
stackoverflow how-do-i-convert-a-files-format-from-unicode-to-ascii-using-python
Рекурсивную "Шагалку по директориям" могу прислать.