[Iska]

во-вторых счетчик CNT всегда равен "1" »

«enabledelayedexpansion» (это у Вас есть) + «!CNT!» внутри скобок:

Код:

@echo off
setlocal enabledelayedexpansion
…
…
for /f "tokens=1,2 delims=;" %%k in (1.txt) do (
    C:\AppServ\MySQL\bin\mysql.exe -u root --password=123456 -e "USE `hardware`; INSERT INTO `1` VALUES (!CNT!, '%%k', %%l);