[Vadikan]

PowerShell. Первые три переменные нужно указать (и проверить на меньшем объеме файлов, конечно).

Код:

#Исходная папка
$source = "C:\test"
#Основная целевая папка
$target = "C:\output"
#Количество файлов для переноса в каждую папку
$n = 2

$fldrs = ((Get-ChildItem $source).Count)/$n
$i = 1
do {
	md $target\$i
	Get-ChildItem $source | select -First $n | move -Destination $target\$i
	$i++
} while ($i -le $fldrs+1)