[intruder666]

Похоже что в безопасном режиме проблемы таки нет (ждал минут 15 - ничего).
Но отключение всех не-микрософт сервисов не помогло в обычном режиме - всеравно тормоз появляется. Пробовал даже убивать процесы которые в трее висят (типа риалтековских настроек и дропбокса) - не помогает, рано или поздно System активизируется.

А может это быть что-то связаное с активностью, например, SearchIndexer'а? Просто он сам собой иногда появляется в процессах. Или еще что-то системное?

Нет ли все-таки какого-нибудь прямого способа узнать в чем дело? Просмотреть стек для нити процесса System или еще как-то? Попробую еще procmon.exe из Systeminternals поюзать в момент тормоза.